Для обеспечения сохранности вагонов МГТС с участием других министерств и ведомств разработаны нормы содержания и обслуживания устройств, взаимодействующих с подвижным составом, а также изданы технические условия и правила погрузки, разгрузки, размещения грузов в вагонах. Важнейшие меры по сохранности вагонов в эксплуатации определены ГОСТ 22235-76 «Вагоны грузовые магистральных железных дорог колеи 1520 мм. Общие требования по обеспечению сохранности при производстве погрузочно-разгрузочных работ». Процесс погрузки или разгрузки вагонов складывается из ряда последовательно выполняемых операций, некоторые из которых отрицательно влияют на сохранность вагонов.
При погрузке в крытые вагоны тарно-штучных, тяжеловесных, пакетированных и грузов, уложенных на поддоны, наиболее часто используют электропогрузчики различных типов, оборудованные различными захватными приспособлениями. Несимметричное расположение груза на захватном устройстве или перемещение тяжеловесного груза вызывают повышенное давление на пол вагона, что ограничено нормами. Установлены также максимальная длина и радиус поворота погрузчика, превышение которых может приводить к повреждению дверных стоек и внутреннего оборудования вагона.
При погрузке тарно-упаковочных тяжеловесных грузов, машин, оборудования, длинномерных грузов стреловыми, козловыми и портальными кранами с крюковыми захватами происходит раскачивание груза и удары им изнутри или снаружи кузова, что приводит к повреждениям верхней обвязки, стоек, обшивки и других частей. При использовании козловых кранов повреждение вагонов происходит вследствие резкого опускания тяжелых или длинномерных грузов, их перемещения внутри кузова волоком, выдергивания защемленных чалочных приспособлений, неправильной установки прокладок под груз и др. Мостовые краны являются основным средством механизации погрузки проката, труб, изделий из железобетона, тяжелого оборудования и металлолома. Дополнительно повреждения вагонов возникают при работе мостовых кранов, использующих электромагнитные захваты. При случайном их обесточивании происходит сбрасывание груза с большой высоты, что приводит к порче частей рамы и крышек люков полувагонов. При погрузке лесоматериалов с помощью кабельных кранов, имеющих большой пролет от 100 до 600 м, из-за затруднения определения положения загружаемого пакета при опускании происходят его соударения с верхней обвязкой, приводящие к ее деформации. При использовании кабельных кранов возможно сбрасывание груза, что также повреждает полувагоны. При погрузке колесной техники самоходом с торцовых аппарелей возможны повреждения частей рамы, стоек, обшивки и дверей полувагонов.
В полувагонах перевозится значительная часть сыпучих и кусковых грузов, погрузка и разгрузка которых в подавляющем большинстве осуществляется механизированным способом. При погрузке экскаваторами в отдельных случаях производится сбрасывание глыб массой 150—300 кг и более, открывающееся днище ковша может ударять о верхнюю обвязку полувагона, что приводит к порче элементов кузова. Разгрузка вагонов с помощью вагоноопрокидывателей, применяемых на металлургических заводах, коксохимических предприятиях, электростанциях и в портах, отрицательно действует почти на все основные части и узлы полувагонов.В зимнее время при разгрузке смерзшихся грузов используют размораживатели различных типов, бурильные и бурофрезеровочные машины, вибромашины, служащие для разрыхления и удаления остатков груза.
Перечисленные механизмы при отклонениях от норм содержания и технологии эксплуатации применяемой механизации оказывают действия, приводящие к повреждениям сварочных соединений частей вагонов. Иногда груз в вагоне разрыхляют с помощью взрыва, что недопустимо, так как разрушаются несущие балки рамы, повреждаются обшивка, крышки люков, узлы крепления стоек. Для ускорения выгрузки хопперов, перевозящих насыпные несмерзающиеся грузы, применяют навесные виброустройства, а при слежавшемся грузе нередко применяют кувалду, ударяя по стенам кузова, деформируя его элементы.
Платформы часто повреждаются при погрузке и выгрузке самоходной техники при нарушении правил погрузочно-разгрузочных работ.
Слив цистерны при закрытых загрузочных люках или закрывание крышек люков и сливных приборов после выгрузки приводит к образованию вакуума в котле и появлению трещин вследствие его деформации.